Ангелов, которые хотели всех убить, вроде как победили. Но NERV — контора, где строили роботов, — расслабляться не собиралась. Потому что Гэндо Икари, который этой конторой руководит, задумал Третий удар. Это такая штука, после которой человечество либо исчезнет, либо станет чем-то другим. Пока папаша готовит свой план, на базу вламываются военные из Seele.
Раньше они были заодно с Гэндо, а теперь пришли убивать всех подряд. Солдаты не церемонятся — стреляют, взрывают, убивают сотрудников прямо в коридорах. Синдзи — сын Гэндо и пилот одного из роботов — в это время сидит в депрессии. Он вообще не понимает, зачем живёт, зачем лезет в робота и зачем всё это нужно. Парня можно понять: папа его бросил в детстве, мама умерла, кругом одни психопаты.
Параллельно происходят непонятятки с Рэй. Она всегда была странной молчаливой девочкой, а тут выясняется, что она вообще не человек. Рэй берёт и сливается с существом по имени Лилит. Это такая древняя особа, от которой пошло всё население Земли. И тут Синдзи оказывается внутри своего робота и понимает: он должен выбрать, жить людям дальше или нет.