Ученые не сумевшие поймать редчайшего покемона, но удачно заполучившие его ДНК, воссоздают в лаборатории клона, получившего имя Мьюту. Разумный опытный образец понимает, что является экспериментом. Охватившая его злость приводит к уничтожению места "рождения" и побегу.
Случайно встреченная команда "Р" предлагает монстру службу, на которой он может научиться контролировать свою мощь. Поверивший Джованни Мьюту становится его помощником, но подозревает, что его используют. Брок, Мисти и Эш направляются в порт, чтобы поехать на слет мастеров. Они поднимаются на корабль, и тот отплывает в направлении отдаленного острова, где будет проводиться состязание.
Но неожиданно судно попадает в эпицентр штрома, что пугает пассажиров. Начинается локальная паника, и Эшу приходится воспользоваться силой секретного покемона, которого он планировал выставить на турнире против действующего чемпиона. Природная стихия практически остановлена, а капитан фрегата движется к суше. Но неожиданные обстоятельства меняют курс.