2027 год, Четвертая война окончена. Нью-Порт оправляется после грандиозной кампании, направленной на уничтожение властей. Неожиданно на улицах срабатывают кем-то подброшенные самодельные бомбы. От взрывов и осколков пострадали люди. Среди погибших - мужчина с неустановленной личностью, перевозивший в чемодане оружие.
Одновременно с этим убивают чиновника, втайне торговавшего боеприпасами. Мотоко Кусанаги переводят в 501-й отдел на должность заместителя руководителя. Она подвергается допросам в ходе испытательного срока, поскольку ее считают причастной к недавним событиям. Ее непосредственному начальнику поступает приказ неустанно наблюдать за ней. К ней приставляются тайные соглядатаи, одним из которых оказывается Бато - киборг огромного роста, успешно скрывающий свою сущность.
Детективу Тогусе достается дело о двух убийствах, не связанных между собой. Он пытается заручиться помощью Кусанаги, которой запрещено контактировать с бывшими коллегами. Последствия бойни обрастают невероятными слухами.