В недрах канализации живут мутированные черепахи, воспитанные крысой. Учитель вырастил из них настоящих героев, готовых бороться за справедливость и удерживать угрозу на расстоянии от города. Днем они прячутся в оборудованном доме, а по ночам спасают жителей от различных злодеев.
Но однажды их убежище находят лабораторные мыши, выращенные преступником Стокманном. Они проникают в жилище и приводят его в непригодность. В поисках дома черепашки выбираются на поверхность, где тут же сталкиваются с бандой "Пурпурные драконы". Стычка с криминальными личностями, преследование одного из них приводят героических мутантов на базу, где в заложниках находится местная журналистка.
Эйприл спасают, и она, бесконечно благодарная и шокированная внешним видом спасителей, становится их другом. Разбирая в перипетиях захвата заложницы, поиск заказчика и желание защитить население вскоре знакомят четверых молодых ниндзя с главным злоумышленником. Шреддер мечтает захватить абсолютную власть и поквитаться со Сплинтером, который некогда был его приятелем.