Польша, 15-й век. Осиротевшего Рафаля забирает на воспитание священник Потоцкий, который с детства прививает мальчонке Святое писание. Сирота старательно учится, вбирая в себя теологические знания, и готовится продолжить дело воспитателя.
Он помогает в церкви, посещает все службы и лелеет надежду стать настоящим пастырем, ведущим за собой заблудшие души. Но однажды случай сводит его с Хубертом - ученым, занимающимся изучением законов физики. Полубезумный взгляд и приверженность науке делает из доктора угрозу для церковного общества, которое активно влияет на власть. Рафалю неожиданно открывается доселе неизведанный мир, где каждое явление имеет под собой обоснованное и твердое основание.
Он тайком бегает к новому другу, который с упоением делится сведениями об окружающем мире и ставит опыты в домашней лаборатории. В научных изысканиях мальчик видит великое будущее для себя и человечества. Однако он еще не понимает, что познание грозит ему погибелью. Любое удачное исследование может повлечь за собой обвинение в ереси.