Уже более пятнадцати лет отважные парни Рафаэль, Леонардо, Микеланджело и Донателло живут в трубах коллектора. Этот подземный мир стал их настоящим домом с тех пор, как они под воздействием мутагена превратились в мутантов. Когда-то парни были милыми маленькими черепашками, домашними питомцами, приобретенными Хамато Йоши.
Тот не ожидал, что в скором времени и он сам, и его питомцы перестанут быть прежними. Хозяин превратился в крысу, а его любимцы выросли до таких размеров, что стали похожи на людей. Спустившись под землю, чтобы выжить, Сплинтер принялся за воспитание черепашек. Он обучил их боевым искусствам, сделав из мутантов, которых считал теперь своими сыновьями, настоящих воинов.
Дисциплина и обретенные навыки помогли черепашкам-ниндзя найти свое место в жизни и научиться философски смотреть на случившееся. Рафаэль и его браться стали поборниками добра и справедливости. На улицах Нью-Йорка, где преступность разрасталась бурным цветом, а от всевозможных банд не было спасения, для черепашек-ниндзя было немало работы.