Организация Nerv оказывается под угрозой уничтожения. По неизвестным причинам в ее недрах пробуждается замерзший Ангел, с которым вступает в бой Макинами. Битва заканчивается победой робота, который рассыпается на запчасти. В это же время Кадзи крадет ключи от Навуходносора и доставляет его в Токио-3.
Аска Сикинами поселяется в кооперативной квартире. Ее переводят в класс обучения к Рэй и Синдзи, находящемуся в конфронтации с отцом. Вся троица усердно участвует в тренировочных боях. У Аски зарождается подозрение, что ее друзья слишком сблизились. Она хочет помирить Синдзи с родителем, но Рэй противоположного мнения. Все же ей удается подгадать день званого ужина, поскольку в этот же вечер происходит презентация нового Евангелиона.
Однако мероприятие оборачивается жутким скандалом. В разработке видят опасность, Гэндо Икари приказывает уничтожить ее. Жаркий спор превращается в некрасивую сцену, а затем поднимается тревога. Начинается проверка всех Евангелионов, которые должны немедленно выдвинуться навстречу атакующим Ангелам.