Альтернативная вселенная, начало 20-го века. Дочь горняка Сита получает от отца в подарок красивый кристалл, который хранит как напоминание о родительской заботе и любви. Однако камень представляет собой огромную ценность, но не из-за высокой стоимости, а из-за возможности с его помощью попасть в легендарный замок Лапута. Мифическая крепость обросла различными слухами: кто-то считает, что в ней можно обрести небывалую мощь, а кто-то уверен, что в закромах хранятся сокровища.
Однажды девочку похищает секретная служба, знающая о волшебных свойствах кристалла. Но на охраняемый дирижабль нападают пираты, и судну грозит крушение. Однако камень спасает Ситу, и та благополучно приземляется рядом с шахтой, где ее находит Пазу. Добросердечный мальчик приносит бедняжку домой, где она медленно приходит в сознание. А вскоре в поселок наведываются военные, разыскивающие беглянку. Новоиспеченные друзья пускаются в бега в надежде самостоятельно отыскать Лапуту. Их путешествие становится опасным из-за преследования и неожиданных препятствий.