Создатели «Ледникового периода» просто обожали мучить беднягу Скрэта, и этот мультфильм — очередное тому подтверждение. На этот раз в лапы нашей саблезубой белки попадает не просто орех, а настоящая машина времени. Всё начинается как обычно: Скрэт находит идеальный жёлудь и пытается его припрятать.
Но в очередной раз его план идёт прахом. Грызун проваливается сквозь лёд и попадает в странное место — целое хранилище замороженных во времени предметов, включая динозавров и странные механизмы. Среди всего этого хлама он замечает пульт. Любопытство берёт верх, и Скрэт нажимает кнопку. Запускается машина времени, и белка вместе с заветным орехом отправляется в головокружительное путешествие сквозь эпохи.
Они с жёлудем посещают разные исторические периоды: то он оказывается в теле первобытной рыбы, то грызун становится свидетелем рождения пирамид, то Скрэта засасывает в будущее с летающими тарелками. В каждой эпохе его цель неизменна — удержать орех. Но технологии, динозавры или просто гравитация постоянно вносят хаос. Белка то расплющивается об камни, то замерзает, то поджаривается.