Они - жертвы бесчеловечного генетического эксперимента, который показался неудачным. Из-за этого существа, на которых ставили опыты, оказались в канализации, где находились на грани смерти. Однако по счастливой случайности они были найдены крысой, пережившей похожую судьбу. Теперь под опекой мастера Сплинтера находятся четверо малышей, получивших имена в честь художников эпохи Возрождения.
Приемный отец обучает своих подопечных боевым искусствам, дает обширные знания по географии, истории и точным наукам, воспитывает в строгости. Веселые мальчишки растут непослушными, но ответственными. Волей случая в подростковом возрасте они спасают человека, не успевшего увидеть их лица. Удовлетворение от хорошего поступка становится мощным стимулом для дальнейшей жизни. Теперь озорным черепашкам, чьи характеры кардинально различаются, придется совмещать учебу с геройством. Они столкнутся с новыми знакомствами, беспечностью окружающих, и даже с настоящим злом, желающим захватить шумный Нью-Йорк и превратить его в подобие зверинца.